Если вы используете клиент-серверный режим, то по умолчанию не работает отладка на сервере. Все серверные процедуры и функции будут выполнятся на сервере и на клиенте вы не сможете проводить их отладку.
Что бы включить отладку на сервере, нужно сделать следующее: Читать далее Как включить отладку на сервере 1С (8.3)